Ze względu na specyfikę ChSP "Uczeń", czyli małą liczbę uczniów oraz ścisłą współpracę z rodzicami, działania profilaktyczne szkoły koncentrują się głównie na promowaniu prowadzenia zdrowego tryby życia.

Definicja zdrowia przyjęta przez Światową Organizację Zdrowia akcentuje całościowe (holistyczne) funkcjonowanie człowieka - jako organizmu biologicznego, psychospołecznego i duchowego.
Przenosi także na jednostkę ciężar odpowiedzialności za własne funkcjonowanie w jedności psychosomatycznej. Polskie style i wzory życia w skali masowej są dalekie od podejmowania przez jednostkę odpowiedzialności za własne zdrowie. Często Boże przykazanie "Nie zabijaj" (II Mojż. 20;13) traktowane jest literalnie, a nie jako nakaz chronienia zdrowia cudzego i własnego.

Ponieważ każdą profilaktykę należy rozpocząć od edukowania dorosłych, czyli budowania właściwego środowiska wychowawczego, w szkole organizowane są szkolenia z zakresu promocji zdrowia, psychologii i pedagogiki dla rodziców i nauczycieli. Działania profilaktyczne promujące wśród uczniów prowadzenie zdrowego tryby życia (zarówno w sferze zdrowia fizycznego, jak i psychicznego) realizują wszyscy nauczyciele, a zwłaszcza wychowawcy klas, nauczyciel przyrody oraz wychowawcy świetlicy, zgodnie z opracowanymi planami pracy, w których uwzględnione zostały omawiane zagadnienia.
W czasie lekcji biblijnych nauczyciele również zwracają uwagę na Boży nakaz szanowania swojego ciała "jako świątyni  Ducha".
Planowane jest także nawiązanie współpracy z Małopolskim Centrum Zdrowia Publicznego i w efekcie uzyskanie przez szkołę certyfikatu "Szkoła promująca zdrowie".

Dodatkowe działania podejmowane przez szkołę na rzecz promowania zdrowego trybu życia:
 

1. właściwe odżywianie:

• udział w akcji "Mleko dla szkół" oraz "Owoce w szkole"
• uczniowie korzystają z pożywnych, trzydaniowych obiadów, wydawanych przez firmę cateringową w szkolnej stołówce,
• wychowawcy klas wspierają rodziców w kształtowaniu prawidłowych nawyków żywieniowych u dzieci,
• na terenie naszej szkoły istnieje zakaz jedzenia chipsów oraz picia napojów typu PepsiCola,
• do dyspozycji uczniów jest dystrybutor z wodą źródlaną z firmy EDEN,
• Samorząd Uczniowski prowadzi "zdrowy sklepik", w którym można się zaopatrzyć w produkty polecane przez dietetyków (soki owocowe, owoce, drożdżówki, rodzynki, batoniki z musli, wafle kukurydziane itp.)

2. jak najwięcej aktywności ruchowej:

• ze względu na bliskość parku im. Wyspiańskiego, ogródków działkowych i placów zabaw, część lekcji (zwłaszca w klasach I-III) prowadzona jest na '"świeżym powietrzu",
• w czasie przerw uczniowie mają możliwość grania w  kręgle i "piłkarzyki" oraz korzystania z prostych sprzętów gimnastycznych (np. skakanki, obręcze),
• uczniowie mają do dyspozycj szeroki korytarz, gdzie mogą pod opieką nauczyciela, bawić się w zabawy ruchowe,
• wiele zajęć świetlicowych odbywa się na boisku szkolnym,
• prawie wszyscy uczniowie korzystają raz w tygodniu, po lekcjach, z zajęć na basenie,
• chętni mają możliwość wzięcia udziału w treningach futbolu amerykańskiego,piłki nożnej i areobiku
• istnieje też możliwość skorzystania, po południu, z zajęć prowadzonych przez Szkołę Tańca ThomasDance
• nasi uczniowie korzystają też z oferty parafialnego klubu sportowego (drużyna pilki nożnej) przy Parafii św.Jadwigi.