Niewątpliwą zaletą Chrześcijańskiej Szkoły Podstawowej "Uczeń" są stosunkowo niskie opłaty.

Edukacja w szkole w zakresie podstawowym (zajęcia obowiązkowe w wymiarze godzin ustalonym przez MEN)  jest bezpłatna - podobnie, jak w szkołach publicznych.

Pobierane jest jednorazowe wpisowe w wysokości 350 zł, które przeznaczone jest na wyposażenie sal lekcyjnych. 

Pozostałe opłaty związane są jedynie z uczestnictwem w:

• zajęciach obowiązkowych w zwiększonym wymiarze godzin (j.angielski, informatyka, plastyka, muzyka),
• zajęciach obowiązkowych dodatkowych (lekcja biblijna,edukacja finansowa, komunikacja interpersonalna),
• zajęciach opiekuńczych (świetlica).

Wysokość tych opłat jest ustalana corocznie przez Edukacyjną Radę Krakowskiego Stowarzyszenia Edukacyjnego "Uczeń". W roku szkolnym 2011/2012 wynosi ona 110 zł miesięcznie.

Płatne są również wybrane przez ucznia zajęcia pozalekcyjne, organizowane na życzenie rodziców (np. basen, nauka drugiego języka obcego, nauka gry na instrumentach muzycznych, lekcje tańca).

Tu wysokość opłat zależy od rodzaju zajęć.

Ponieważ koszty związane z prowadzeniem działalności dydaktyczno-opiekuńczej w ChSPU przypadające na 1 ucznia kształtują się na poziomie 700 zł/m-c, z czego 400 zł dotowane jest przez Gminę Kraków, pozostała kwota pozyskiwana jest z dobrowolnych darowizn rodziców oraz innych źródeł (sponsorzy, składki członkowskie KSEU, kiermasze itp.).

Wpłaty i darowizny przyjmowane są na konto:

Krakowskie Stowarzyszenie Edukacyjne "Uczeń"

ul.B. Czerwieńskiego 16, 31-319 Kraków

Bank Ochrony Środowiska SA Oddział w Krakowie

Numer konta: 79 1540 1115 2111 6011 7984 0001