Niewątpliwą zaletą Chrześcijańskiej Szkoły Podstawowej "Uczeń" są stosunkowo niskie opłaty.

Edukacja w szkole w zakresie podstawowym (zajęcia obowiązkowe w wymiarze godzin ustalonym przez MEN)  jest bezpłatna - podobnie, jak w szkołach publicznych.

Pobierane jest jednorazowe wpisowe w wysokości 350 zł, które przeznaczone jest na wyposażenie sal lekcyjnych. 

Pozostałe opłaty związane są jedynie z uczestnictwem w:

• zajęciach obowiązkowych w zwiększonym wymiarze godzin (j.angielski, informatyka, plastyka, muzyka),
• zajęciach obowiązkowych dodatkowych (lekcja biblijna),
• zajęciach opiekuńczych (świetlica).

Wysokość tych opłat jest ustalana corocznie przez Edukacyjną Radę Krakowskiego Stowarzyszenia Edukacyjnego "Uczeń". W roku szkolnym 2009/2010 wynoszą one 100 zł miesięcznie (płatne przez 10 miesięcy).

Płatne są również wybrane przez ucznia zajęcia pozalekcyjne, organizowane na życzenie rodziców (np. basen, nauka drugiego języka obcego, nauka gry na instrumentach muzycznych, lekcje tańca).

Tu wysokość opłat zależy od rodzaju zajęć.

Ponieważ koszty związane z prowadzeniem działalności dydaktyczno-opiekuńczej w ChSPU przypadające na 1 ucznia kształtują się na poziomie 700 zł/m-c, z czego ok.350 zł dotowane jest przez Gminę Kraków, pozostała kwota pozyskiwana jest również z dobrowolnych darowizn rodziców na cele edukacyjne oraz innych źródeł (sponsorzy, składki członkowskie KSEU, kiermasze itp.).

Wpłaty i darowizny przyjmowane są na konto:

Krakowskie Stowarzyszenie Edukacyjne "Uczeń"

ul. Stachiewicza 33, 31-328 Kraków

Bank Ochrony Środowiska SA Oddział w Krakowie

Numer konta: 79 1540 1115 2111 6011 7984 0001